玻璃窗遮挡在建筑的顶部，直接接受雨水，包括自然雨水，积雪和其他雨水源。玻璃窗采光顶常见的质量问题是漏水。基本的玻璃采光顶防水方法，可归纳为两种：一是"导管"法，即利用玻璃采光顶的坡度，迅速排除顶面雨水的影响，使渗漏的可能性小化；二是"堵"法，即利用防水材料，堵住玻璃、构件之间的缝隙，防止雨水渗漏。这其中，一个是主要方面，防水效果好，省工省料。所以，玻璃采光顶的防水措施，应以一类为主。

玻璃窗顶上设置排水坡度，实现了自然排水；所以，玻璃采光顶的防水设计，关键在于如何选择防水坡度。玻璃窗顶防水坡度的选择，既要满足建筑外观、构造的要求，又要满足排水的要求。建筑物上，玻璃采光顶从外观和构造方面考虑，屋面的坡度要尽量平缓，防水坡度一般不会设置太大；而从防水功能方面考虑，为了满足排水的需要，屋面的防水坡度要设置得大一些。为此，应合理选择采光顶防水坡度，在满足排水要求的前提下，尽可能选择小的防水坡度。建筑物、屋顶通常采用2%的防水坡度。对采用不吸水且表面光滑的玻璃材料制成的玻璃采光顶，其防水坡度可小于2%，但仍需保持一定的排水坡度。